はじめに　　
第一章　鹿児島・市来―島津氏と貿易―
　一　ザビエルの鹿児島滞在とその事績
　二　アルメイダの宣教と島津貴久のインド宛書翰
　三　一五七一年以降の島津氏とイエズス会
　四　島津氏とマニラ貿易
第二章　山口―大内氏の「西の都」―
　一　ザビエルによる開教
　二　トルレスによる宣教とキリシタン教界
　三　大内氏滅亡後の宣教
　四　一六〇五年の迫害とキリシタン教界
第三章　豊後府内―大友氏の盛衰―
　一　初期宣教とキリシタン
　二　教会・病院の建造と慈悲の組
　三　信仰の深まりと宣教師の動静
　四　府内のキリシタンと大友宗麟
　五　府内キリシタン教界の崩壊
　六　大友氏除国後のキリシタン教界
第四章　京都―天下人の都―
　一　宣教活動の始まり
　二　宣教師追放とキリシタン共同体
　三　フロイスの京都帰還
　四　上長カブラルの上洛と南蛮寺建立
　五　伴天連追放令とキリシタン
　六　フランシスコ会の宣教
　七　徳川政権下のキリシタン教界
　八　禁制下のキリシタン
第五章　江戸―江戸幕府の首都―
　一　キリシタンについての消息と教会建造
　二　江戸における最初の禁教令
　三　一六一二年の禁教令と江戸の教会
　四　江戸における最初の殉教事件
　五　全国的禁教令発令後の江戸における宣教
　六　一六二三年の大殉教
　七　大殉教後のキリシタンの動静
　八　切支丹屋敷造築と入牢者
第六章　長崎―キリシタンのための都市―
　一　長崎開港以前の宣教
　二　長崎開港と新町の町建て
　三　伴天連追放令と長崎の公領化
　四　幕領長崎とキリシタン
　五　禁制下の長崎とキリシタン
おわりに